Historia e Kokos, një djali të rritur nga Pokémonët dhe krijimi i një lidhjeje të re ndërmjet njerëzve dhe Pokémonëve.
Pasi një eksperiment shkencor çon në krijimin e klonit Mjutu, ky i fundit i vë qëllim vetes të shkatërrojë botën. Ashi dhe miqtë e tij vendosin të prishin planet e liga të Mjutusë.
